Lionel Messi nació el 24 de junio de 1987 en la ciudad de Rosario, en laprovincia de Santa Fe. Es hijo de Jorge Horacio Messi, trabajador de una fábrica, y de Celia María Cuccittini, una limpiadora de medio tiempo.Su familia paterna es originaria de Recanati: su bisabuelo, Angelo Messi, se mudó a Argentina en 1883. Tiene dos hermanos, Rodrigo y Matías, y una hermana, María Sol. Dos de sus primos (Maximiliano y Emanuel Biancucchi) son también futbolistas. Lionel Messi tiene una relación con Antonella Roccuzzo, también rosarina, a quien conoce desde niño. El hijo de la pareja, Thiago Messi, nació el 2 de noviembre de 2012 y su segundo hijo, Mateo Messi, nació el 11 de septiembre de 2015. 

Con apenas cinco años, Messi dio sus primeros pasos en Grandoli, un club de barrio al sur de Rosario, a pocas cuadras de su casa. El club estaba dirigido por su padre. Posteriormente jugó algunos partidos con el Central Córdoba.En 1995, comenzó a entrenarse en las divisiones inferiores de Newell's Old Boys, club con el que obtuvo la Copa de la Amistad de Perú en 1997. A la edad de 11 años, le fue diagnosticada una deficiencia de la hormona de crecimiemto.

En agosto de 2000 Messi, con 12 años, fue a Buenos Aires a probarse a Ruver Plate, y fue aceptado por el reclutador Vairo quien pidió su contratación, pero està nunca concretó. El motivo por el cual no continuó en la institución no quedó aclarado, las versiones van desde que River y los padres de Messi no llegaron a un acuerdo por el costo de un tratamiento hormonal a otras que indican que los padres no querían dejar solo a Messi en la pensión en Buenos Aires y requerían que se les otorgue una casa y un trabajo.